[PDF互換ファイルを作成]のチェックを外してもファイルサイズが小さくなりません(Illustrator CS3)
というのがそれです。 [PDF互換ファイルを作成]というのは、ai形式で保存するときに指定すると、AcrobatのようにPDFで開くアプリケーションで開いて中を確認するための機能です。もともと、Illustrator 9.0以降は、内部フォーマットはPDFになっていますが、Acrobatで開くためには、保存時に[PDF 互換ファイルを作成]をオンにしておく必要があります。
[PDF互換ファイルを作成]をオンにすると、保存されるファイルはAcrobatで開くためのデータと、Illustratorで開くためのデータの両方が含まれますので、ファイルサイズは大きくなります。ここをオフにすると、Acrobatで開くためのデータは保存されませんので、ファイルサイズが小さくなります。
Acrobatで開くこともなく、Illustratorのみで開くのであれば、[PDF互換ファイルを作成]はオフにする方がいいわけです。
ところが、Illustrator CS3
問題はプラグインのファイル名がローカライズされて日本語になっていることが問題のようです。それで、1つのプラグイン名と、パッケージ内の3つのファイル名を英語に差し替えることで、この問題は解消するようです。
PDFメッセージ.ai → PDFMessage.ai
PDF形式.aip → PDFFormat.aip
PDFセット.aip → PDFSuite.aip
日本語化したことで、プラグインファイルにアクセスできないのかもしれません。パッケージ内には、他にも日本語名のファイルがありますが、これって大丈夫なのかしらん。他の機能にも影響があるとか、どうなんでしょうね。

※パッケージフォルダのRequiredフォルダ内に3つのファイルがあります。プラグインフォルダ内の「PDFメッセージ.ai」と、上記のフォルダ内の3つファイル名を差し替えます。
◆Macintosh● [PDF 互換ファイルを作成] のチェックを外してもファイルサイズが小さくなりません(Illustrator CS3)
http://tnl.adobe.co.jp/u/No/96437/B5B5829A_13842/ilm53_231747.html
◆Windows● [PDF 互換ファイルを作成] のチェックを外してもファイルサイズが小さくなりません(Illustrator CS3)
http://tnl.adobe.co.jp/u/No/96438/525CFEF_13842/ilw53_231747.html
どちらも同じページが開きますが、Macintosh版とWindows版のアクセス数を調べているようです。
この問題については、13.0.2にアップデートすることでファイル名を差し替える必要はなくなりました。詳しくは「Illustrator 13.0.2(CS3)アップデータ登場」を御覧下さい。

詳しくは下記をご覧ください。
◆Illustrator使いこなしの21の鉄則[インクナブラ]
http://bit.ly/nJNEDU
*App Storeでは「Illustrator」「鉄則」で検索してください。
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